Olá Rodrigo, boa noite.
Para desvincular o contador do CNPJ de uma empresa, siga estes passos:
Acesse o Portal do Redesim e solicite uma nova alteração cadastral de Pessoa Jurídica.
O sistema verificará se o solicitante logado na REDESIM é o mesmo que consta na ficha cadastral do estabelecimento e é quem se auto-exclui.
você pode usar o acesso do Gov.br para efetuar a exclusão do contador.
Espero ter ajudado!