Olá Maria
Primeiro você precisa atualizar o cadastro dessa empresa perante os órgãos públicos. Com uma alteração Contratual (Solicitar Viabilidade - DBE - Requerimento Eletrônico).
Em relação as obrigações Fiscais, a empresa precisa cumprir desde o primeiro dia do Desenquadramento. Nesse caso, a partir da data do Desenquadramento, a empresa responde como empresa ME do Simples Nacional, e tudo que envolve esse regime tributário.
Sim, é possível baixar o MEI e abrir uma ME. Mas se a empresa já foi Desenquadradada, o processo de baixa será como as demais empresas, e nesse caso não iria compensar dois processos, sendo mais fácil a migração.
Espero ter ajudado.