Olá Istenio
MEI não exerce atividade regulamentada, mas alguns CNAE, como o descrito acima é relacionado a construção civil e pode precisar do registro no CREA.
Alguns estados isenta esse cadastro ao MEI, por isso, recomendo que verifique se essa isenção se estende ao seu Estado.
Caso positivo, veja se essa multa é realmente do órgão pois muitas empresas, principalmente MEI tem recebido multas que são golpes. Por isso, a melhor maneira de verificar isso é entrando em contato com o órgão responsável.
Espero ter ajudado.