Olá Luymila
Hoje já é possível baixar empresas com débitos, mas com pendências e CNPJ não. Por isso, o primeiro passo é enviar as declarações pendentes.
Se essa empresa não teve movimento, basta enviar as DCTF de Janeiro de cada ano Inativa (Sem movimento) e as demais DCTFs assim como as EFD contribuições e ECF vai sair do relatório.
Enviei também a DCTFWEB sem movimento e SEFIP.
Segue o link da aba dos cursos de legislação, lá você vai encontrar aulas de como baixar empresas, tem exemplos de várias Estados:
Espero ter ajudado.
