Olá Alex
Quando acontece isso é porque a Junta Comercial já autorizou o prosseguimento do processo; mas a Prefeitura ainda precisa liberar o alvará de funcionamento ou analisar a viabilidade local (uso do solo, por exemplo);
Enquanto a Prefeitura não der o “de acordo”, não é possível prosseguir com o DBE definitivo ou finalizar o processo de abertura no CNPJ.
Espero ter ajudado.