Olá Douglas
Nesse caso, acredito que entendi que o cliente não pretende permanecer com esse CNPJ, e irá dar baixa. Se for esse o caso, recomendo a aula do link abaixo, pois você pode solicitar diretamente a baixa desse MEI, não precisando primeiro alterar para depois baixar.
Em relação a regularização, você pode solicitar o parcelamento dos débitos, e a baixa não impede o pedido e pagamento das parcelas.
Os Honorários você pode solicitar o valor de baixa de empresa que depende muito de região mas seria uma média de R$ 1.000,00 a R$ 1.500,00 e junto a isso incluir o valor da regularização, que precisa vê se tem declarações pendentes ou é somente as guias de impostos em aberto.
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121630-lives-legalizacao-de-empresas/4037762-pratica-baixa-do-mei-apos-desenquadramento
Espero ter ajudado.