Olá João
Primeiro precisa definir qual será o regime tributário desse empresa - Lucro Presumido ou Lucro Real. A partir daí, você irá calcular os impostos de acordo com o regime escolhido e enviar ao cliente. E regularizar os períodos anteriores.
Lembrando que esses regimes tem obrigações acessórias mensais, como EFD Contribuições, DCTFWEB MIT…
Espero ter Ajudado.