Olá Jarbas
Infelizmente, não é possível reativar um CNPJ MEI (Microempreendedor Individual) que já foi baixado, seja por solicitação do próprio contribuinte ou por iniciativa da Receita Federal.
A única solução nesse caso seria: Solicitar o encerramento da conta PJ e resgate do saldo via transferência para conta de titularidade do CPF do cliente, mediante apresentação de documentos comprobatórios (inclusive da baixa do CNPJ).
Espero ter ajudado.