Ola Ariel
Sim, primeiro passo é regularizar as pendências.
Após regularizar a PGFN providenciará, no prazo de 5 dias úteis, a respectiva baixa automática, sem necessidade de requerimento do contribuinte.
GFIP você envia a primeira de cada ano sem movimento, não e preciso que se envie todas. Assim como a DCTFWEB, onde vai gerar uma multa automaticamente.
Espero ter ajudado.