Olá Tiago, tudo bem?
O indeferimento da viabilidade no MEI, devido ao imóvel ser registrado como condomínio residencial, pode afetar o processo de desenquadramento para ME. Quando a atividade é incompatível com o uso do imóvel, a viabilidade pode ser negada.
Antes de proceder com o desenquadramento, é importante verificar a possibilidade de regularizar o uso do imóvel para atividade comercial junto à prefeitura local. Caso isso não seja possível, o processo de desenquadramento para ME pode ser dificultado, pois a viabilidade é um requisito essencial.
Por isso, recomendo esclarecer a situação do imóvel com a prefeitura e, se necessário, buscar orientações sobre como regularizar a classificação do imóvel.
Espero ter ajudado.