Bom dia, Natália,
O que provavelmente está acontecendo:
"Gravar Parcial" nessa tela salva o progresso do processo da matriz (NIRE 3520984814-5, Controle Internet nº 036485479-1) — ele não importa nem une protocolos de outras empresas. Cada filial tem NIRE próprio, e se você já gerou o Número de Controle Internet separadamente para cada uma, elas se tornaram protocolos independentes. Não existe (até onde sei) um botão de "merge" retroativo entre protocolos distintos nessa tela de resumo.
A junção matriz + filial normalmente precisa ser feita dentro do mesmo processo, ou seja:
Você inicia a solicitação a partir da matriz e, ainda antes de gerar o Controle Internet, adiciona as filiais como estabelecimentos/atos vinculados ao mesmo protocolo.
Se você já gerou Controle Internet separado para cada filial, esses processos ficam "presos" como protocolos individuais — a interface do VRE, pelo que percebo na tela, só permite adicionar atos ao NIRE que já está selecionado (matriz), não importar atos de outro NIRE já protocolado.
Caminhos possíveis:
Se as filiais ainda não foram pagas/entregues no balcão, cancelar os protocolos separados das filiais e refazer o processo inteiro a partir da matriz, incluindo as filiais como estabelecimentos vinculados antes de gravar o Controle Internet.
Se já foram pagas/protocoladas, abrir chamado no atendimento da JUCESP (ou Balcão Virtual) pedindo a vinculação manual dos protocolos — em muitos casos isso não é feito pelo próprio sistema.
Antes de cancelar qualquer protocolo já pago, vale confirmar com a Junta Comercial se há alternativa, porque cancelamento pode implicar em perda da taxa. Quer que eu monte um roteiro de checagem para você levar ao atendimento da JUCESP, ou prefere tentar o acesso ao sistema de novo para eu conferir a tela em tempo real?