Bom dia, Jessica,
Boa pergunta! Vou explicar como funciona essa situação na prática.
Quando você emite uma nota fiscal de débito (ou nota de antecipação/sinal), o objetivo é documentar o recebimento antecipado de um valor que ainda será "completado" pela nota fiscal definitiva futuramente. A regra geral é que essa nota deve refletir proporcionalmente a composição do contrato.
No seu exemplo, se o contrato total de R$ 100,00 é composto por material e serviço, o ideal é que o sinal de R$ 50,00 já traga essa divisão proporcional, ou seja, R$ 25,00 de material e R$ 25,00 de serviço. Isso é importante porque material e serviço têm tratamentos fiscais diferentes, tanto no que diz respeito ao ICMS (que incide sobre mercadorias) quanto ao ISS (que incide sobre serviços). Misturar os dois sem a devida separação pode gerar inconsistências na apuração dos impostos e até questionamentos do fisco.
Agora, sobre o pagamento em si, essa é uma questão financeira e não fiscal. O cliente pode pagar o valor total do sinal em uma única transação de R$ 50,00 sem nenhum problema. A separação entre material e serviço precisa existir na nota fiscal, mas isso não obriga o cliente a fazer dois pagamentos distintos. Ele paga o sinal em uma única transferência, e a empresa é quem registra internamente e na nota a divisão correta entre as duas naturezas.
Vale também lembrar que, dependendo do município e do tipo de contrato, pode haver exigências específicas sobre como documentar esse sinal, então é sempre bom verificar a legislação local e a orientação do seu contador para garantir que o procedimento esteja alinhado com o que a sua prefeitura e a Sefaz esperam.