Olá Amanda, tudo bem?
Quando o bem está totalmente depreciado, o valor contábil dele passa a ser considerado “zero”. Isso significa que, ao vender esse bem, todo o valor da venda será tratado como ganho de capital.
Nesse caso, não existe valor contábil negativo. O sistema pode até indicar isso por erro de fórmula ou de lançamento, mas, na contabilidade, o valor líquido nunca fica abaixo de zero. Ao atingir 100% de depreciação, os lançamentos mensais de depreciação devem ser encerrados.
Portanto, se o bem for vendido, por exemplo, por R$60.000, esse será o valor base do ganho de capital. E sim, você está certa: aplica-se a alíquota de 15% de IRPJ sobre esse ganho.
Espero ter ajudado!