Olá Gabriel, tudo bem?
Concordo que a melhor opção é realmente a primeira. Na segunda opção, já daria a entender que o lote pertence à empresa, o que não é o caso neste momento.
Portanto, lançaria conforme sugerido na primeira opção:
D - Empréstimo a Sócios C - Banco (valor das parcelas dos lotes)
E, na hora que a escritura sair no nome da empresa:
D - Lote C - Empréstimo a Sócios
Além disso, pode ser feito um contrato entre a empresa e o sócio, informando que esse "empréstimo" será quitado com o lote. Essa formalização é importante para documentar o acordo entre as partes.
Espero ter ajudado!