Boa noite! Que ótima pergunta, e bastante importante porque envolve uma área muito específica da legislação educacional. Vou explicar com cuidado.
Primeiro ponto: o MEI não é permitido nesse caso
Infelizmente, não é possível abrir como MEI para atuar com cursos profissionalizantes com certificação pelo MEC ou com EJA (Educação de Jovens e Adultos). E os motivos são dois:
O primeiro é que a atividade de ensino é vedada para o MEI pela legislação que regulamenta essa categoria. O segundo é que qualquer instituição que queira oferecer cursos com certificação reconhecida pelo MEC precisa de autorização do Ministério da Educação, e o MEI não tem estrutura jurídica compatível com esse tipo de credenciamento.
O que é possível fazer então?
Você precisaria abrir uma empresa, normalmente como Sociedade Limitada Unipessoal (SLU) ou Sociedade Limitada (Ltda), com a atividade de ensino descrita no contrato social. O CNAE mais utilizado para esse tipo de negócio é o 8599-6/04 (Treinamento em desenvolvimento profissional e gerencial) ou similares da área de educação.
Mas aqui vem o ponto mais importante de tudo:
A certificação pelo MEC exige credenciamento
Para emitir certificados com validade nacional reconhecida pelo MEC, a instituição precisa ser credenciada junto ao Ministério da Educação. Isso vale tanto para cursos de qualificação profissional com certificação formal quanto para a conclusão do EJA.
No caso do EJA especificamente, é ainda mais restrito: a oferta de EJA com certificação válida é uma competência do sistema público de ensino (redes estaduais e municipais) ou de instituições devidamente credenciadas pelo sistema de ensino do estado. Isso envolve autorização da Secretaria Estadual de Educação, e não simplesmente um registro no CNPJ.
Para os cursos profissionalizantes com certificação pelo MEC, a instituição geralmente precisa se credenciar como Escola Técnica ou Centro de Educação Profissional, o que envolve um processo administrativo junto ao MEC e/ou à Secretaria de Educação do estado, com requisitos de infraestrutura, corpo docente qualificado, projeto pedagógico e muito mais.
Em resumo
MEI não é possível para essa atividade. Para ter certificação reconhecida pelo MEC, é necessário um processo de credenciamento junto ao Ministério da Educação ou à Secretaria Estadual, que vai muito além da abertura de empresa. O melhor caminho é consultar um contador para abrir a empresa corretamente e, paralelamente, buscar orientação junto à Secretaria de Educação do seu estado sobre os requisitos para o credenciamento que você deseja.