Olá, Claudia, tudo bem?
Sim, o valor do Simples Nacional é incluído no campo "Total de Despesas no Período Abrangido pela Declaração" da DEFIS. Embora o manual não seja tão específico, o entendimento é de que o pagamento do Simples Nacional pode ser considerado uma despesa operacional da empresa.
Quanto ao Custo das Mercadorias Vendidas (CMV), não é necessário informar esse valor no campo de despesas. Isso ocorre porque, no próprio sistema da DEFIS, há campos específicos para o estoque inicial, compras e estoque final, então o programa já tem as informações do CMV com base nessas informações.
Espero ter ajudado!