Olá, bom dia! Tudo bem?
Não há problema no fato de a DMED ter sido transmitida com certificado digital sendo a empresa do Simples Nacional. O regime tributário não interfere nessa questão e o uso do certificado é plenamente válido.
Não existem consequências apenas por esse motivo. O que poderia gerar algum impacto seria erro nas informações ou envio indevido da declaração, não a forma de transmissão.
Portanto, se a DMED foi entregue corretamente e a empresa estava obrigada, não há nada a corrigir. Se houve erro ou envio sem obrigatoriedade, aí sim o caminho é fazer a retificação da declaração ajustando ou zerando as informações.