Olá Marcos, tudo bem?
Se o valor fosse menor, poderíamos deduzir que se trata da retenção das taxas do Mercado Pago. No entanto, como o valor no extrato está maior do que o informado na nota fiscal, é possível que o cliente não tenha emitido todo o valor que deveria. Pode ter havido algum equívoco na somatória do dia.
Nesse caso, o ideal é confirmar com o seu cliente a origem dessa diferença para garantir que todas as informações estejam corretas e alinhadas.
Espero ter ajudado!