Sim, o seu raciocínio está correto. No Livro Caixa do Produtor Rural (LCDPR), a classificação deve seguir a atividade fim que consome o insumo.
Como o milho não será vendido como grão, mas sim transformado em silagem para servir de trato aos animais, ele deixa de ser um "Custo da Agricultura" e passa a ser um "Custo da Pecuária".
Por que lançar em "Outros Custos da Pecuária".
Destinação final: O milho é um insumo intermediário para a produção de carne ou leite.
Apropriação de custos: Lançar em "Produtos Agrícolas" distorceria seu resultado, fazendo parecer que você teve despesas em uma área que não gera receita direta.
Flexibilidade do plano de contas: Se o software ou modelo que você utiliza não possui a conta específica "Sementes" dentro do grupo da Pecuária, a conta "Outros Custos" ou "Alimentação Animal" é o destino técnico adequado.
Recomendações de Lançamento
Histórico detalhado: No campo de descrição, seja específico. Exemplo: "Compra de sementes de milho p/ produção de silagem (Lote X/Bovinos)".
Documentação: Mantenha a Nota Fiscal guardada. Se houver uma fiscalização, o fisco verá que a movimentação de venda da fazenda é de bovinos, justificando o gasto com a forragem.
Divisão por Atividade: Se você também vende grãos, é fundamental separar as compras: o que vai para o mercado vai em "Agrícola"; o que fica no cocho vai em "Pecuária".
Procure utilizar algum software específico para gerar o arquivo do LCDPR também pode fazer o controle de forma manual.