Olá Gabriel, tudo bem?
No meu entedimento, a tributação do IR, deveria ocorrer encima do valor de R$5.420,00 mesmo.
Sobre a dúvida do lançamento contábil, o mesmo poderia ser realizado da seguinte forma (vou utilizar valores simbólicos como exemplo).
Pela provisão do aluguel:
D- Aluguel de imóveis (resultado) 5.420,00
C- IRRF a recolher (passivo) 1.000,00
C- Aluguel a pagar (passivo) 4.320,00
Pelo pagamento considerado o desconto:
D- Aluguel a pagar (passivo) 4.320,00
C- Descontos obtidos (resultado) 1.000,00
C- Caixa/Banco (ativo) 3.320,00
Pelo pagamento do IRRF:
D-IRRF a recolher (passivo) 1.000,00
C- Caixa/Banco (ativo) 1.000,00
Espero ter ajudado!