Olá Nubia, tudo bem?
Em transferências entre matriz e filial, não se usa a conta de CMV, porque não é uma venda, e sim uma movimentação interna de estoque.
Entendo que o correto seria:
Na saída da matriz:
D – Estoques em Trânsito Matriz x Filial
C – Estoques
Na entrada da filial:
D – Estoques
C – Estoques em Trânsito Matriz x Filial
Assim, o estoque é movimentado entre as unidades sem afetar o resultado da empresa. O CMV só vai ser registrado quando a filial vender a mercadoria para o cliente.
Espero ter ajudado!