Olá Christiane
Primeiro deve ser emitida Nota Fiscal de Entrada de Valor Recebido como Adiantamento (ou Nota Fiscal de Venda com destaque apenas do valor do adiantamento, dependendo da UF e do sistema adotado), utilizando CFOP - 5.922 – Lançamento efetuado a título de simples faturamento decorrente de venda para entrega futura (operação interna), ou 6.922 (se for operação interestadual). No Simples Nacional, esse valor já será tributado no PGDAS no mês do recebimento.
Na entrega da mercadoria (valor total de R$ 10.000,00), você irá emitir uma nota de remessa para entrega futura no valor total, utilizando o CFOP: 5.118 – Venda de produção do estabelecimento entregue ao destinatário por conta e ordem de terceiros, ou 5.116 – Venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros entregue ao destinatário por conta e ordem de terceiros.
Nesse documento, você pode destacar no campo de Informações Complementares que R$ 3.000,00 já foram faturados e tributados como adiantamento na NF nº XXXX.
Espero ter ajudado.