Olá Barbara, tudo bem?
Isso mesmo, no Simples Nacional, o ISS devido pela prestação de serviços é recolhido junto com os demais tributos na guia DAS.
A alíquota de ISS que você informa na Nota Fiscal não é para cálculo do imposto municipal naquele momento, mas sim para:
Atender exigência do sistema da prefeitura (muitas NFS-e pedem a alíquota para fins de registro e controle);
Base de informações para o município apurar dados estatísticos e eventualmente fiscalizar (ex.: comparar receita declarada x serviços prestados).
Por isso, é importante confirmar na legislação municipal qual alíquota devem constar na NF, pois pode haver diferenças entre municípios, mesmo no Simples e verificar com eles também, como fazer o correto preenchimento da nota fiscal no município.
Espero ter ajudado!