Olá Luan. Bom dia.
Essa é uma situação que não deveria acontecer como regra geral no Simples Nacional e, na enorme maioria dos casos, indica uma falha operacional. Por lei (Lei Complementar nº 123/2006), o ISS do optante pelo Simples Nacional deve ser recolhido mensalmente de forma unificada dentro da guia do DAS. Se o cliente está pagando o ISS por fora (diretamente para a Prefeitura) e também dentro do DAS, ele está sofrendo uma bipartição indevida ou uma bitributação.
Existem cenários específicos na legislação que explicam isso, além de erros comuns de cadastro que você, como especialista, pode identificar e corrigir.
1. As Exceções Legais (Quando o ISS pode sair do DAS)
A legislação prevê pouquíssimas hipóteses em que o ISS é recolhido por fora do Simples Nacional. Para uma oficina mecânica, as duas únicas justificativas legais seriam:
Substituição Tributária / Retenção na Fonte: Se a oficina prestou serviço para um tomador de serviço que, por lei municipal, é obrigado a reter o ISS na fonte. Nesse caso, o tomador retém o imposto e paga à Prefeitura, e a oficina precisa marcar no PGDAS-D que aquele faturamento teve "ISS retido na fonte", para que o sistema do Simples não cobre o ISS novamente dentro do DAS. Se foi emitida a nota com retenção, mas declarada no Simples como "sem retenção", o ISS será cobrado duplicado.
Ultrapassagem do Sublimite Estadual/Municipal: Se a oficina faturou acima de R$ 3,6 milhões nos últimos 12 meses (sublimite do ISS/ICMS no Simples), ela continua no Simples para os tributos federais, mas passa a recolher o ISS por fora, diretamente na guia do município. (Pelo perfil do cliente, dificilmente será o caso, mas vale checar o faturamento acumulado).
2. Erros Comuns de Cadastro e Emissão (As Causas Prováveis)
Se o cliente não se enquadra nas exceções acima, o problema é um erro de parametrização. Os três erros mais frequentes são:
A. Parametrização Errada na Emissão da NFS-e
Muitos sistemas de notas fiscais (ou o próprio emissor da prefeitura) possuem um campo chamado "Regime Especial de Tributação" ou "Natureza da Operação".
Se na emissão da nota foi selecionado por engano que a empresa é "Tributação no Município" (como se fosse Lucro Presumido) em vez de "Optante pelo Simples Nacional", o sistema da Prefeitura vai gerar automaticamente uma guia de ISS própria para aquela nota, enquanto você, ao puxar o faturamento para o PGDAS-D, acaba tributando o ISS de novo dentro do DAS.
B. Cadastro Desatualizado na Prefeitura (ISS Fixo / Taxa de Alvará)
Algumas prefeituras cobram uma taxa anual de funcionamento ou, em casos específicos de profissionais autônomos/sociedades uniprofissionais (SUP), um ISS Fixo. Se a oficina já existia antes de entrar no Simples (ou se o cadastro mobiliário municipal foi feito errado), a prefeitura pode estar gerando guias automáticas de ISS trimestrais ou mensais por fora. Optante pelo Simples Nacional não recolhe ISS Fixo municipal, salvo raras exceções de MEI.
C. Confusão entre ISS e Taxas Municipais
Vale a pena olhar a guia emitida pela Prefeitura com lupa. Às vezes, o cliente vê uma guia emitida pelo município e acha que é ISS, mas na verdade trata-se da TFF (Taxa de Fiscalização de Funcionamento), taxa de coleta de lixo ou renovação de alvará sanitário/posturas. Essas taxas não estão inclusas no Simples Nacional e devem ser pagas por fora mesmo.
Para regularizar a situação do seu cliente, sugiro seguir este roteiro de auditoria:
Audite o XML/Espelho das Notas: Verifique se o campo "Optante pelo Simples Nacional" está marcado como "Sim" e se o campo "Incentivador Cultural" ou "Regime Especial" não estão puxando códigos de empresas do regime normal.
Verifique o PGDAS-D: Olhe no extrato do Simples se as receitas de serviços estão sendo alocadas no Anexo III corretamente e se não há marcação equivocada de retenção (ou falta dela).
Consulte a Situação Fiscal no Município: Acesse o portal tributário da Prefeitura e puxe o extrato do cadastro mobiliário da empresa para entender a origem exata daquela guia avulsa (se é ISS próprio, retido, ou taxa de alvará).
Ação Corretiva: Caso comprove o pagamento duplicado por erro de preenchimento, você deverá retificar as declarações no PGDAS-D (se o erro foi na declaração federal) ou solicitar a repetição de indébito (restituição) diretamente na Prefeitura (se o erro foi o pagamento da guia municipal indevida).
Espero ter ajudado.