Olá Camila
A alíquota do Simples Nacional será a mesma para matriz e filial, pois a apuração é unificada. O faturamento de ambas é somado para determinar a faixa e alíquota.
Se a filial for em outro estado, não afeta a alíquota do Simples Nacional. Porém, pode haver diferenças em obrigações estaduais específicas.
Se a matriz já segue o fator R, a abertura da filial não muda isso diretamente. O fator R continuará sendo calculado considerando a folha de pagamento total vs. faturamento total da empresa.
Espero ter ajudado.