Olá Fernanda, tudo bem?
O desconto do INSS no RPA deve ser feito independente do valor pago. Mesmo que o pagamento seja abaixo de R$ 1.000,00, a empresa deve reter os 11% de INSS do autônomo.
O que acontece é que, se o total recebido no mês pelo profissional for menor que o salário mínimo, aquela contribuição não contará como um mês cheio no INSS, mas ainda assim precisa ser recolhida normalmente.
Espero ter ajudado.