Olá Priscila
Verifique qual o ICMS está sendo cobrado pela SEFAZ, se é o ICMS de saída que é pago dentro da Guia do Simples Nacional, ou se é o ICMS sobre mercadorias vinda de outros estados.
Se for de Saída, a Sefaz está cobrando apenas o imposto que é de sua competência, nesse caso, regularize a situação com a Receita Federal, desenquadrando o MEI e enviando as apurações de PGDAS, após isso, paguei o imposto, que pode ser parcelado dentro do Portal do simples Nacional.
Espero ter ajudado.