Boa tarde!

Olá Daiane, tudo bem?

Não há na legislação algo que proíba um MEI de emitir nota fiscal caso tenha parcelamentos ou guias em aberto.

No entanto, é sempre recomendável que o MEI regularize suas pendências fiscais para evitar problemas futuros, como multas ou outras complicações com a Receita Federal.

Espero ter ajudado!