Bom dia!
Sim, a sua interpretação sobre a operação e sobre o rateio do frete está totalmente correta!
Com base no artigo treze, parágrafo primeiro, inciso um, da Lei Complementar número 87 de 1996 (a Lei Kandir), todas as despesas acessórias cobradas do comprador, como o valor do frete, integram a base de cálculo do ICMS.
Por essa razão, o frete adicionado ao valor da mercadoria assume o mesmo tratamento tributário do item principal ao qual está vinculado. Se a mercadoria possui o benefício da redução de base de cálculo concedido pelo Convênio ICMS 52 de 1991, essa mesma redução incide sobre o valor total cobrado (mercadoria mais frete).
Com isso, no seu primeiro cenário, aplicando a alíquota efetiva de um inteiro e meio por cento sobre a base total de oitocentos reais (quinhentos reais da mercadoria mais trezentos reais do frete), o valor exato do DIFAL a recolher é de doze reais.
Em relação à sua segunda dúvida, quando uma nota fiscal engloba produtos com tributações ou incentivos fiscais distintos, o valor do frete não pode ser tributado de forma única. Ele deve ser rateado proporcionalmente ao valor de cada mercadoria constante no documento. A partir desse rateio, cada fração do frete passará a ser tributada de acordo com as regras e benefícios aplicáveis ao seu respectivo produto.
ICMS NACIONAL - CONVÊNIO 52/91 - DIFAL
Este vídeo é relevante pois detalha a aplicação do Convênio ICMS 52/91 e o cálculo do DIFAL nas operações interestaduais.