Olá Carlos
Infelizmente isso acontece muito, venda em máquina, PIX sem a emissão das Notas Fiscais.
A legislação não diz que a apuração será feita através do Extrato bancário ou relatório de máquinas de cartão, mas entende -se que esses recebimentos é relativo a atividade da empresa, e por isso, precisa ser lançados na apuração do Imposto.
A obrigação principal da empresa é o recolhimento do imposto, a emissão da Nota Fiscal é uma obrigação acessória, logo é mais importante recolher o imposto sobre a Receita total, mesmo que não tenha o documento Fiscal.
Oriente a seu cliente a emitir notas fiscais dessas movimentações, mas não deixe de apurar caso não venha a Emitir.
Espero ter ajudado.