Olá @Sheila Cristina Macário Oliveira, bom dia! O usuário deverá entrar em contato com seu gestor local, que poderá ser a Secretaria Municipal de Saúde ou a Secretaria Estadual de Saúde. O cadastramento e manutenção dos estabelecimentos junto ao CNES cabe à gestão local.
Os telefones e endereços de contato dos gestores estão localizados, até o momento, no CNESNet em Serviços/Gestores/Relação de Gestores Cadastrados; O site disponibilizará uma opção na qual o usuário fará a escolha do seu estado; Isto feito o site trará uma tela em que estarão disponíveis todos os municípios plenos e a secretaria estadual de saúde do estado escolhido. A partir deste ponto, o usuário deve selecionar o município ou secretaria estadual e anotar o endereço e telefones para que realize contato.
https://wiki.saude.gov.br/cnes/index.php/Categoria:Como_obter_um_n%C3%BAmero_de_CNES
Espero ter ajudado!