Olá Ariel, tudo bem?
Hoje, cada SEFAZ possui um portal e sistema próprios para consulta e emissão de relatórios de notas fiscais, portanto, não teria um passo a passo padrão para isso.
O ideal é acessar o site da SEFAZ do seu estado ou município e buscar a área de “consulta pública de NF-e”, onde você poderá verificar as informações fiscais do seu cliente. Por exemplo, na SEFAZ do Espírito Santo, essa consulta é feita pela Agência Virtual.
Com acesso à relação de notas fiscais disponíveis no portal, você pode confrontar se as notas integradas ao seu sistema estão de acordo com as que constam na SEFAZ.
Tenta entrar em contato com a Sefaz SP para verificar com eles onde você pode localizar esse relatório das notas fiscais do seu cliente.
Espero ter ajudado!