Contrato de verbas com cliente

Temos uma situação em que alguns clientes possuem um contrato de verbas, e neste contrato, tem a condição de um percentual fixo de desconto no pagamento deste cliente. A NF é faturada em valor de tabela, mas o pagamento é feito através de depósito bancário no valor líquido já com o desconto constante no contrato.

Exemplo:

Contrato de venda com verba de 10%.

Valor tota da NF R$ 1.000,00

Pagamento por depósito no valor de R$ 900,00 (1.000,00 – 100,00).

Lançamento Contábil dos 100,00: Descontos Concedidos.

Pergunta:

Nestes casos será necessário a emissão de Nota de Fiscal de Crédito dos valores do desconto no pagamento por nossa parte?

Ou uma nota de débito por parte do cliente, já que ele creditou sobre o valor sem desconto?