Boa tarde!
Primeiro você precisa certificar se as informações declaradas da empresa estão corretas. Se a empresa teve receita zerada o ano inteiro, de onde veio os rendimentos do sócio, por exemplo?
Caso tenha divergências, é necessário retificar, fazer a contabilidade de fato, distribuindo o lucro devido, e só depois olhar para a pessoa física.
Se você lançar qualquer rendimento no IRPF dele, como vindo da empresa, e a empresa não prestou essas informações, pode cair em malha fina pelo cruzamento de dados.
Espero ter ajudado.