Olá Aluã
Infelizmente esse tipo de situação é comum no dia a dia do Contador. Entendo a situação do seu cliente, mas não é recomendável declarar todos os rendimentos como isentos na DEFIS. Isso pode chamar a atenção da Receita Federal.
A abordagem mais pudrente é essa mencionada por você, presumir o Lucro isento e declarar parte como tributáveis.
Essa distribuição ajuda a evitar inconsistências na declaração, mesmo que não reflita exatamente a realidade da empresa. No entanto, é crucial orientar seu cliente sobre a importância de manter a contabilidade em dia e separar as contas pessoais das empresariais.
Espero ter ajudado.