Olá Savanna, tudo bem?
Sim, pode haver problemas no CPF do sócio administrador, pois a pendência de declarações não enviadas pode afetar a regularidade fiscal da empresa e automaticamente também a do sócio responsável. Embora eu não consiga garantir qual será a tratativa da Receita Federal com o seu cliente em específico, pois depende muito, o ideal é regularizar todas as pendências antes de solicitar a baixa da empresa para evitar complicações.
Espero ter ajudado!