Olá Amanda
Sim. Sempre que a dentista com CNPJ prestar um serviço, ela deve emitir Nota Fiscal de Serviços (NFS-e). O pagamento por Pix não substitui a nota.
A nota serve para comprovar a prestação do serviço e para calcular o ISS. Normalmente a nota é emitida no município onde a dentista tem sua inscrição municipal, mas alguns municípios podem exigir emissão no local onde o serviço é feito.
Em regra: Prestou o serviço → Recebeu → Emite nota fiscal.
Espero ter ajudado.