Olá Jaíne, tudo bem?
Cada CNPJ parceiro deve receber os valores referentes aos seus serviços diretamente em suas respectivas contas bancárias e emitir as notas fiscais de forma separada, de acordo com o que cada um realizou.
É importante evitar qualquer tipo de "mistura" entre as empresas, pois isso pode gerar confusão contábil e até problemas com a fiscalização. Cada empresa deve manter seu controle financeiro e fiscal de maneira independente.
Espero ter ajudado!