Olá Fabiana, boa noite
Na EFD-Reinf, todas as notas fiscais de serviços recebidas devem ser informadas, independentemente de haver ou não retenção. Portanto, você deve somar os valores das duas notas fiscais (da matriz e da filial) para declarar na EFD-Reinf.
Na base de cálculo, você deve incluir a soma dos valores das duas notas fiscais. O valor da retenção a ser informado deve ser o valor efetivamente retido, no caso, o valor retido da matriz.
Espero ter ajudado