Boa tarde, Marcel,
Vou esclarecer isso com cuidado porque existe uma regra específica no Simples Nacional que trata exatamente desse ponto.
A regra geral é o Anexo III, mas existe uma exceção importante para o transporte de cargas.
De acordo com a Lei Complementar 123/2006 e o art. 25-A da Resolução CGSN 140/2018, as empresas que exercem atividade de transporte de cargas podem ser tributadas pelo Anexo I do Simples Nacional, que é o mesmo anexo do comércio.
Já o transporte de passageiros é tributado pelo Anexo III.
Então, no caso da sua empresa que emite CTE, o ponto central é saber qual tipo de transporte ela realiza:
Transporte de cargas (frete de mercadorias): Anexo I
Transporte de passageiros: Anexo III
Essa distinção está prevista no próprio texto da LC 123/2006, no trecho que lista as atividades de cada anexo.
Vale lembrar que a emissão do CT-e por si só não define o anexo, ela é apenas o documento fiscal utilizado nas prestações de serviço de transporte. O que define o enquadramento é o objeto social da empresa e a natureza da operação que ela realiza.
Portanto, se você está falando de uma transportadora de cargas, a tributação pelo Anexo I está correta, e a informação que você ouviu procede. Só confirme no contrato social que a atividade principal registrada é realmente o transporte de cargas, porque o fisco pode questionar casos em que há divergência entre o CNAE e o enquadramento utilizado.
Se tiver dúvida sobre o CNAE correto para esse tipo de atividade, vale conferir o CNAE 4930-2/01 (transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças), que é o mais comum para esse caso.