Como verificar se tem Difal com alíquota não destacada?

As alíquotas interestaduais são definidas pelos Atos do Senado Federal:

Resolução N°13 de 2012 - Define que toda mercadoria importada ou com conteúdo de importação maior que 40%, em operações interestaduais terá a alíquota a 4%.

https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/_ato2011-2014/2012/congresso/rsf-13-2012.htm

Resolução N°22 de 1989 - Diz que operações interestaduais com mercadorias que não são importadas ou que o seu conteúdo importado é de no máximo 40%, a alíquota é de 12%, porém nas operações e prestações realizadas nas Regiões Sul e Sudeste, destinadas às Regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste e ao Estado do Espírito Santo, a alíquota será de 7%.

https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/congresso/rsf/rsf%2022-89.htm

Para saber se a mercadoria é importada ou se o seu conteúdo é maior que 40%, deve olhar o primeiro dígito do CST ou CSOSN da mercadoria, ele é que indica a origem da mercadoria, de acordo com o Convênio ICMS de 1970:

https://www.confaz.fazenda.gov.br/legislacao/ajustes/sinief/cvsn_70

1 - Estrangeira - Importação direta, exceto a indicada no código 6;

2 - Estrangeira - Adquirida no mercado interno, exceto a indicada no código 7;

3 - Nacional, mercadoria ou bem com Conteúdo de Importação superior a 40% (quarenta por cento) e inferior ou igual a 70% (setenta por cento);

3 - Nacional, mercadoria ou bem com Conteúdo de Importação superior a 40% (quarenta por cento);

4 - Nacional, cuja produção tenha sido feita em conformidade com os processos produtivos básicos de que tratam o Decreto-Lei nº 288/67, e as Leis nº 8.248/91, 8.387/91, 10.176/01 e 11.484/07;

5 - Nacional, mercadoria ou bem com Conteúdo de Importação inferior ou igual a 40% (quarenta por cento);

6 - Estrangeira - Importação direta, sem similar nacional, constante em lista de Resolução CAMEX e gás natural;

7 - Estrangeira - Adquirida no mercado interno, sem similar nacional, constante em lista de Resolução CAMEX e gás natural.

Isso serve tanto para as empresas do regime periódico de apuração tanto para as empresas do simples nacional.