Olá Patrícia, tudo bem?
Como não será mais MEI, a emissão da nota fiscal de serviços, é pela prefeitura. Nesse caso, você precisa solicitar o credenciamento na prefeitura, dependendo da prefeitura consegue emitir no mesmo dia. Mesmo que o processo na junta comercial não tinha sido concluído, a maioria das prefeituras já permitem a emissão das notas como ME.
Espero ter ajudado!