Bom dia, Keli,
Vamos tentar organizar as informações disponíveis para te ajudar a encontrar o melhor caminho.
Contexto do problema
A emissão de NF-e para fins de CIAP sempre teve uma particularidade: por se tratar de um lançamento contábil/fiscal para controle do crédito de ICMS, e não de uma operação comercial com valor econômico, a Portaria CAT 041/2003 orientava que o valor total da nota ficasse zerado, com apenas o destaque do ICMS no campo correspondente. Isso funcionava bem antes da Reforma Tributária.
Com a chegada do IBS e CBS e a obrigatoriedade de informar os novos campos (CST e cClassTrib), o schema XML passou a exigir uma consistência maior entre esses campos e os valores totais da nota, gerando a rejeição 225 que você mencionou.
Sobre a configuração que você está usando
A escolha do CST 410 com cClassTrib 410029 faz sentido do ponto de vista conceitual, já que o CIAP se refere a operações que ainda estão sob o regime do ICMS na transição. O problema é que o validador da SEFAZ está cruzando esses campos com os valores totais e identificando inconsistência no schema.
As duas alternativas que você levantou
A primeira opção, emitir sem informar IBS e CBS, segue uma linha adotada por alguns contribuintes com base no entendimento de que, por ser uma nota de entrada de uso interno e não existir orientação oficial consolidada para essa finalidade no novo ambiente tributário, os campos novos não seriam obrigatórios nesse contexto específico. Essa é uma posição pragmática, mas carrega risco de autuação futura caso o entendimento do fisco seja diferente.
A segunda opção, manter o IBS e CBS mas colocar R$ 0,01 no valor total, resolve tecnicamente a rejeição do schema, mas cria um problema diferente: a nota passa a ter um valor que não corresponde à realidade da operação, o que pode gerar distorções em obrigações acessórias como SPED Fiscal e EFD-Contribuições.
O que parece mais razoável no cenário atual
Considerando que a Nota Técnica 2025.002 ainda está sendo implementada e que os sistemas das SEFAZ estão em processo de adequação, a orientação mais comum que tem circulado entre profissionais e consultorias é aguardar um posicionamento formal da SEFAZ do seu estado ou do ENCAT sobre esse caso específico. Não existe ainda uma resposta oficial e definitiva para a emissão de NF-e de CIAP no novo ambiente do IBS/CBS.
Enquanto isso, algumas empresas têm optado temporariamente pela emissão sem os campos de IBS e CBS, documentando internamente a justificativa com base na ausência de orientação específica, e se comprometendo a fazer os ajustes assim que houver uma nota técnica ou orientação oficial que trate do tema.
Recomendação prática
Vale muito a pena consultar diretamente o plantão fiscal da SEFAZ do seu estado com essa dúvida específica, registrando o número de protocolo do atendimento. Isso gera um histórico de boa-fé que protege a empresa caso haja questionamento posterior. Além disso, fique atenta às atualizações do Portal Nacional da NF-e e às próximas versões da Nota Técnica 2025.002, que provavelmente trarão esclarecimentos sobre situações como essa.