Olá Jhade, tudo bem?
Nestes casos, recomedamos verificar diretamente no portal da prefeitura, se eles possuem o manual com o passo a passo para emissão da nota fiscal de serviços.
Sobre a obrigação com a prefeitura, além de emitir as notas mensais, seria manter em dia a inscrição municipal, o alvará e demais registros necessários. Mas para confirmar procedimentos específicos, inclusive a emissão de nota, é recomendado entrar em contato com a prefeitura local, porque cada prefeitura trabalha de uma forma, então eles quem melhor podem orientar nessas situações.
Sobre a dúvida do ISS, se a empresa está no Simples Nacional, o ISS já vem incluído no valor da guia do DAS, então basta informar a receita bruta mensal e pagar a guia do DAS.
Espero ter ajudado!