Olá Agnan
Veja no site de emissão de NFSE do município se é permitido emitir a Nota sem informar o tomador. Algumas prefeituras isso é possível.
Não sendo possível, não recomendo que emita a Nota com CPF divergente do que está no pagamento. A melhor opção, é solicitar os dados aos tomadores de serviços e emitir a Nota de forma correta.
Espero ter ajudado.