Olá Francisco, tudo bem?
Se for produtor rural pessoa física, ele pode emitir Nota Fiscal Avulsa ou Nota Fiscal de Produtor Rural, dependendo do estado. Nesse caso, a nota é emitida pelo CPF, mas somente para produtos rurais produzidos por ele, como frutas, verduras, grãos ou leite. Para isso, é preciso se cadastrar na Secretaria da Fazenda do estado e seguir as regras de emissão.
Se ele quiser vender outros tipos de mercadoria ou emitir nota normalmente, precisará se formalizar como empresa, com CNPJ e inscrição estadual. Mas indico você entrar em contato com a sefaz para saber se permitem a emissão da nota com o CPF.
Espero ter ajudado!