Olá, bom dia!
Pelas regras vigentes, sendo uma empresa que não seja MEI, é obrigatório a emissão de notas fiscais em cada venda ou prestação de serviços.
Quanto a separação das receitas, é necessário verificar de fato a separação de cada atividade, sendo necessário efetuar o controle interno.
Como a cliente não tem conhecimento técnico para os procedimentos da sua empresa, pode optar pela contratação de um funcionário, ou contratar um serviço especializado para essa área.
Quanto ao sistema, é importante verificar um sistema que seja utilizado na região. Os preços e métodos de uso variam bastante. Se optar por um sistema local, tende a ter um melhor suporte do sistema.