Olá Ana Carolina, tudo bem?
O ISS da NFS-e está sendo emitido pelo Emissor Nacional da Nota Fiscal de Serviços (gov.br/nfse) somente nos municípios que aderiram ao padrão nacional.
Nesses casos, a nota não é mais feita no sistema da prefeitura (ISS Digital, ISSNet, etc.), e sim direto no portal nacional com login gov.br.
Ao emitir a NFS-e no portal nacional, o sistema já calcula o ISS conforme as regras do município e envia as informações para a prefeitura automaticamente.
Porém, nem todos os municípios aderiram ainda.
Por isso é importante verificar junto ao município correspondente se eles já aderiram. Caso contrário, continua emitindo normalmente pelo sistema próprio da prefeitura.
Espero ter ajudado.