Olá, Hindrigy, tudo bem?
Não existe na legislação qualquer regra que dispense o pagamento de PIS e COFINS para entidades sem fins lucrativos com base em faturamento baixo, como esse limite de R$ 10.000,00.
O tratamento tributário dessas entidades depende do cumprimento de requisitos legais e da natureza das receitas, não do valor faturado.
A base legal está no art. 15 da Lei nº 9.532/1997, que trata das condições para benefícios fiscais, e no art. 13 da Medida Provisória nº 2.158-35/2001, que prevê a incidência do PIS sobre a folha de salários (alíquota de 1%) para entidades sem fins lucrativos.
Quanto à COFINS, a isenção depende do atendimento desses requisitos legais. Caso não sejam cumpridos, pode haver tributação.
Ou seja, não é o faturamento que define a tributação, e sim o enquadramento da entidade e o cumprimento das exigências previstas em lei.
Espero ter ajudado.