Bom dia, Elaine,
Boa pergunta, e a situação é bem comum em operações de industrialização por conta de terceiros. Vou explicar os dois pontos separadamente.
Em relação às notas fiscais sem retorno
Quando as embalagens (canudos de PVC) saem com CFOP 5.920 e não retornam, você precisa regularizar essa saída fiscal. A forma mais adequada é emitir uma nota fiscal de entrada com o CFOP 1.949 (outra entrada não especificada) ou, dependendo da orientação do seu estado, um CFOP equivalente para reconhecer a baixa definitiva dessas embalagens no estoque. Isso porque o CFOP 5.920 pressupõe um retorno futuro, e como ele não ocorreu, o ciclo fiscal precisa ser encerrado.
Importante também ajustar o controle de estoque dessas embalagens, baixando definitivamente as unidades perdidas, e verificar se há ICMS a ser recolhido na saída, uma vez que o envio para industrialização normalmente tem suspensão ou isenção do imposto justamente porque o retorno é esperado. Com a perda confirmada, essa condição pode não se sustentar, então vale consultar a legislação do seu estado ou o setor fiscal da empresa sobre eventuais reflexos tributários nessa regularização.
Em relação à indenização pelo industrializador
As duas formas que você mencionou, desconto em nota ou reembolso em conta, são utilizadas na prática, mas cada uma tem suas particularidades.
O reembolso bancário costuma ser o caminho mais limpo e transparente. Nesse caso, o industrializador simplesmente te paga o valor dos canudos perdidos, e você reconhece isso como uma receita de indenização na sua contabilidade. Como estamos falando de Lucro Real, essa receita entra no resultado e é tributada normalmente pelo IRPJ e CSLL. Não incide PIS e COFINS sobre indenizações por perda ou dano de bens, então isso é um ponto positivo.
O desconto comercial em nota é possível, mas gera uma situação um pouco mais confusa operacionalmente. O desconto seria dado na nota fiscal de serviço de industrialização emitida pelo terceiro, reduzindo o valor que você paga pelo serviço. Fiscalmente isso funciona, mas pode dificultar a rastreabilidade da operação e não fica tão claro no histórico que se trata de uma compensação por perda de material.
Do ponto de vista de clareza contábil e fiscal, o reembolso bancário com o devido registro como receita de indenização é a forma mais recomendada. Além de facilitar a documentação e o controle interno, ela deixa a operação transparente para uma eventual fiscalização.
Por fim, é sempre recomendável formalizar a perda por escrito com o industrializador, seja por e-mail ou documento, para respaldar tanto o lançamento contábil quanto a regularização das notas.